Como sistema de programación

La colección de utilidades para la programación de GNU es con diferencia la familia de compiladores más utilizada en este sistema operativo. Cuenta con capacidad para compilar código fuente de lenguajes de programación como: C, C++, Java, Ada, Pascal, D y Fortran, entre muchos otros.33​ Además, soporta diversas arquitecturas de procesador mediante la compilación cruzada, lo que hace que sea un entorno adecuado para desarrollos heterogéneos.

Existen varios entornos de desarrollo integrados disponibles para GNU/Linux, incluyendo Anjuta, KDevelop, Lazarus, Ultimate++, Code::Blocks, NetBeans IDE y Eclipse. También existen editores extensibles como Emacs o Vim. GNU/Linux también dispone de capacidades para lenguajes de guion (script), aparte de los clásicos lenguajes de programación de shell, o el de procesado de textos por patrones y expresiones regulares conocido como awk. La mayoría de las distribuciones tienen instalado Python, Perl, PHP y Ruby y en caso de no venir instalados estos lenguajes, es muy sencilla su instalación, generalmente a través de un repositorio común.